小麥混雜退化的原因是多方面的，但歸納起來，主要有機(jī)械混雜，生物學(xué)混雜，剩余變異，選擇影響，基因突變和染色體畸變等原因。
機(jī)械混雜
小麥種子繁殖全過程中，在種子處理（如拌種、包衣）、施肥（指未腐熟的麥秸）、播種（尤其是機(jī)播和撒播）、補(bǔ)種、收割脫粒、干燥、貯藏、加工、運(yùn)輸?shù)茸鳂I(yè)時，使繁殖的小麥品種中混進(jìn)了其它小麥品種的種子或其它作物和雜草的種子，這種混雜現(xiàn)象稱為機(jī)械混雜。人們不能嚴(yán)格按種子生產(chǎn)技術(shù)規(guī)程進(jìn)行操作，是導(dǎo)致機(jī)械混雜的主要原因。同時，上年小麥種子的自生苗和野生小麥，也是機(jī)械混雜的重要來源，應(yīng)引起高度重視。
生物學(xué)混雜
又稱為天然異交或自然異交。小麥雖屬自花授粉作物，但大多數(shù)品種具有開穎授粉的特點(diǎn)，花粉傳播距離可達(dá)200m以上，因此不同小麥品種相鄰種植時，很容易發(fā)生自然異交，小麥的自然異交率遠(yuǎn)比大麥、水稻、大豆等其它典型自花授粉作物高得多。有些小麥品種由于穎殼開張角度大、持續(xù)時間長，自然異交率大大提高，成為導(dǎo)致該類品種混雜與退化的主要原因。
在黃淮平原冬麥區(qū)生產(chǎn)中，早茬種植的冬性小麥品種與晚茬種植的春性小麥品種，播期相差多達(dá)20～30d，但抽穗開花期相差不大。小麥又是分蘗作物，大小分蘗間的抽穗開花期相差相對較大。所以，早播的小麥品種和晚播的小麥品種很難完全避免花期相遇，極易引起品種間生物學(xué)混雜。另外，生產(chǎn)上小麥種植的品種數(shù)量多且布局混亂，加劇了小麥品種間生物學(xué)混雜。
除了不同小麥品種群體間的生物學(xué)混雜外，同一小麥品種群體內(nèi)雜株、劣株也會與典型株發(fā)生生物學(xué)混雜。小麥發(fā)生自然異交后，當(dāng)年“異交種子”很難識別，無法剔除。明年長出的“異交植株”，由于母本是本品種，在長相及生長發(fā)育節(jié)律上與該品種相似，也不容易被識別拔除，造成后年進(jìn)一步混雜，從而產(chǎn)生“今年雜一粒，明年雜一株，后年雜一片”的局面。
剩余變異
一般來說，小麥新品種開始推廣時，群體并不是一個的純系，個體間在遺傳性狀上仍存在一定差異，在以后的繁殖過程中，如果不繼續(xù)加以選擇純化，任其自然分離，經(jīng)過不斷積累，則會出現(xiàn)更多、更明顯的變異。
雜交育成的小麥品種群體內(nèi)往往存在著較多的剩余變異，成因主要有：（1）由親緣關(guān)系較遠(yuǎn)、多親本組配的雜種后代，遺傳基礎(chǔ)復(fù)雜，性狀不易穩(wěn)定；（2）育種過程中，僅注重目標(biāo)性狀的選擇，而忽視其它性狀的選擇；（3）單基因或寡基因控制的質(zhì)量性狀較易純合，微效多基因控制的數(shù)量性狀不易純合；（4）分離純化世代有限，新品種出臺過早；（5）品種群體不是來自一個單系，而由多個近似單系混合組成。
選擇影響
包括不正確的人工選擇和不利的自然選擇作用。在小麥種子繁殖工作中，特別是在原種繁殖過程中，如果技術(shù)人員和操作人員對小麥新品種的特征特性了解不夠，不能按本品種的典型性狀進(jìn)行正確的選擇，或者因責(zé)任心不強(qiáng)，遺漏較多的雜、劣株（穗），都會造成品種混雜退化。栽培環(huán)境對選擇鑒定效果有重大影響，優(yōu)良栽培環(huán)境有利于小麥品種性狀的充分表現(xiàn)，是進(jìn)行準(zhǔn)確選擇的客觀要求，不良栽培條件不僅不利于準(zhǔn)確選擇鑒定，而且會加速小麥種性的退化。在自然選擇作用下，小麥往往朝著有利于自身生存的方向發(fā)展，如稈高、穗小碼稀、結(jié)實(shí)性差、早熟的個體逐漸增多，喪失原有的豐產(chǎn)性和典型性，造成混雜退化。
此外，在某一特定環(huán)境條件下生產(chǎn)的小麥種子，在其它差異較大的環(huán)境條件下種植時，也往往產(chǎn)生一定的性狀分離。假如某一品種群體內(nèi)存在著可以抵抗-8℃、-9℃、-10℃的不同個體，所占比例依次為1%、4%和95%。那么，在-8℃環(huán)境條件下種植該品種群體時，100%的個體都表現(xiàn)抗寒而完全整齊一致，但在-9℃、-10℃環(huán)境條件下種植時，將分別有1%、5%的個體表現(xiàn)不抗寒，從而產(chǎn)生性狀上的分離。這種因種植環(huán)境變化而導(dǎo)致小麥品種群體產(chǎn)生性狀分離的現(xiàn)象，可以稱為“環(huán)境篩選作用”。
基因突變和染色體畸變
就小麥某一基因而言，基因突變的頻率很低，但一個小麥品種具有很多性狀，同一性狀往往又有多對基因控制，基因總數(shù)量很多，一旦發(fā)生了不良的基因突變，如不加選擇和淘汰，任其發(fā)展，也會導(dǎo)致品種混雜退化。小麥的大多數(shù)性狀多屬于數(shù)量性狀，受微效多基因控制，某一微效基因發(fā)生突變后，對性狀表現(xiàn)影響較小，甚至很難察覺，但微效基因通過多次分離重組可以積少成多，由量變到質(zhì)變，也會引起較明顯的性狀變化。少數(shù)基因控制的質(zhì)量性狀，發(fā)生的顯性突變較易剔除，但發(fā)生的隱性突變在純化前不能表達(dá)，在品種群體中始終處于潛伏狀態(tài)，則很難。小麥?zhǔn)钱愒戳扼w作物（AABBDD，2n=6X=42），也會產(chǎn)生染色體畸變，如產(chǎn)生單倍體、缺體等不正常變異。
總體而言，機(jī)械混雜和生物學(xué)混雜是目前我國小麥品種混雜退化的兩大主要原因。機(jī)械混雜與生物學(xué)混雜又往往交織在一起，機(jī)械混雜混進(jìn)的異品種小麥種子，為品種間的相互傳粉提供了便利的條件，當(dāng)代異交株及其分離株又與品種群體內(nèi)的其它個體再次發(fā)生天然異交，如此循環(huán)往復(fù)，必然導(dǎo)致越來越嚴(yán)重的混雜退化。另有不少繁種單位由于技術(shù)力量薄弱，因技術(shù)不到位或選擇方法不當(dāng)，也是造成目前小麥品種混雜退化不容忽視的一個原因。今后，隨著小麥品種更新?lián)Q代速度的不斷加快，如果不重視新品種超前純化并及早用育種家種子擴(kuò)繁原種和良種，剩余變異將可能上升為小麥品種混雜退化的重要原因。相對而言，小麥品種發(fā)生基因突變或染色體畸變的頻率很低，一般不會造成明顯的品種混雜退化。