有機肥發(fā)展迅速也得到政府的大力支持，這些商品有機肥主要用于經(jīng)濟作物的生產(chǎn)田，而糧食作物的生產(chǎn)田很少施有機肥。據(jù)考察，從北方到南方的蔬菜、果樹有機肥的用量每畝少則3~5噸，多則10~20噸。可想而知，有的老菜地出現(xiàn)了次生鹽漬化等土壤質(zhì)量下降的問題。所以，應該了解有機肥的特性和合理施用。
隨著我國農(nóng)牧業(yè)生產(chǎn)的高速發(fā)展，有機廢棄物產(chǎn)生量以年均1.03%的速度逐年增加，有機廢棄物總資源中的氮素折純達2422.6萬噸，這一大筆含在有機肥中的營養(yǎng)資源是寶貴的，但是有機廢棄物空間分布極不平衡，主要分布在我國種植業(yè)和養(yǎng)殖業(yè)發(fā)達的地區(qū)。而有機肥不宜長途運輸，由此造成目前的再生利用率很不平衡，以有機肥中養(yǎng)分還田率看，磷的還田率，達78%，鉀其次，為61%，氮的還田率小，僅為40%.
以畜禽糞尿類有機肥來說，這類有機肥目前數(shù)量很大，隨著畜產(chǎn)品生產(chǎn)的快速發(fā)展而增長極快。如果重視不夠，不花大力氣去抓緊對畜禽糞便的科學施用，其后果將是嚴重的。那不僅使蔬菜果樹以及煙葉、茶葉、馬鈴薯等眾多經(jīng)濟作物失去一類價廉物美的肥料資源，而且影響到它們的產(chǎn)量和品質(zhì)，還將造成農(nóng)業(yè)居民區(qū)環(huán)境惡化，不利于新農(nóng)村的文明建設。因此，首當其沖地要在經(jīng)濟類作物生產(chǎn)中而合理地施用糞尿類養(yǎng)分資源，進而把它們推向大田糧食作物生產(chǎn)中。另外，糞尿類有機肥的主要特點是碳氮比比較窄，一般C/N比值在6~10之間；而一株成熟而風干的玉米秸稈的C/N比為80∶1.由此可見，大量施用糞尿類有機肥可以部分替代化學肥料對作物的氮磷養(yǎng)分供給，完全可減少化肥的施用量。但是，大量施用糞尿類有機肥對于土壤的作用，主要是促進有機質(zhì)的循環(huán)與更新，而對于土壤有機質(zhì)的提高則沒有貢獻。因此，糞尿類有機肥應主要用在新菜地、新果園等，而對于老菜地土壤來說，大量長期施用，還會導致土壤微生物活性變差等問題。因此，在現(xiàn)代集約型經(jīng)濟作物栽培體系中，糞尿類有機肥的科學施用要注意：
其一，不能施用生糞，必須腐熟和經(jīng)過堆制轉(zhuǎn)化。要將大量分散的原生糞尿堆制成合格的有機肥，不僅需要技術，更需要勞動力。在當前農(nóng)村壯勞力很缺乏的條件下，人們可隨處見到生糞起出后，數(shù)月甚至半年堆積在路邊與村頭，任其日曬雨淋，造成糞尿類肥料的氨氣揮發(fā)和氮鉀養(yǎng)分的流失和蟲卵病菌傳播的嚴重現(xiàn)象。等到了生產(chǎn)用肥的時候，就直接上到地里。這種現(xiàn)象應該改變。
其二，適量施用的原則。控制糞肥用量的做法，在歐盟國家已經(jīng)提出了控量施用的規(guī)定。以英國為例，將施用量定在170公斤（氮）/公頃之內(nèi)。然而，近年來我國部分地區(qū)的蔬菜和果園生產(chǎn)中，每畝糞肥的施用量平均達到2噸以上，有的菜地還達10噸，這樣盲目而普遍超高的糞肥施用量，造成了菜地養(yǎng)分富集和水體污染的形勢。由于糞肥富含有機氮其分解的終產(chǎn)物也是硝酸鹽，同樣對水體和環(huán)境可能產(chǎn)生污染，糞肥還可能有重金屬超標等問題。
因此，我國在高投入集約化經(jīng)濟作物生產(chǎn)中，也應該應用測土配方施肥的技術，同時規(guī)范有機肥和化肥的施用量。提倡在有機肥與化肥配合施用時，二者適宜的供氮量比例以各占一半為佳。
對于高投入高產(chǎn)出的經(jīng)濟作物的施肥原則，在養(yǎng)殖業(yè)日趨發(fā)達的今天，尤其要注意糞肥的控量施用，這是科學合理的。應該將超量產(chǎn)出的糞肥向糧食生產(chǎn)的大田施用，那將有利于我國糧食生產(chǎn)的可持續(xù)發(fā)展和減少部分農(nóng)田的有害氣體排放。
其三，糞肥的制作除了發(fā)酵轉(zhuǎn)化以外，還要調(diào)節(jié)碳氮比，添加秸稈的成分，加寬碳氮比，提高糞肥的改土功能。