微生物菌肥在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中起著非常重要的作用，其可以起到如下功效：
一、因為生物菌肥中包含有大量的生物菌，經(jīng)過生物菌的活動，不僅能夠改善土壤的理化性狀，增加土壤中有機質(zhì)的含量，并且還具有解鉀、釋磷、固氮的效果。在將生物菌肥施用到土壤之后，生物菌將會迅速增殖，形成群體優(yōu)勢分解土壤中已經(jīng)固定的并作物不可以直接吸收利用的氮、磷、鉀元素，并且固定空氣中游離的氮，供應(yīng)給作物吸收利用。
二、施用生物菌肥不會給農(nóng)作物造成副作用，生物菌在土壤中的增殖代謝過程中可以創(chuàng)造赤霉素以及其它活性物質(zhì)等內(nèi)源激素，能夠自身調(diào)節(jié)生理過程，不會農(nóng)作物起到反面作用。
三、生物菌肥能夠促使農(nóng)作物生根、出苗、提前成熟，增強農(nóng)作物的抗逆性，表現(xiàn)出抗病、抗旱、抗倒伏的效果。
四、生物菌肥自身沒有毒害、沒有殘留，并且額可以分解土壤中因為長時期施用化肥、農(nóng)藥的殘留，溶解污水灌溉之后的重金屬殘留，凈化環(huán)境，是生產(chǎn)綠色農(nóng)產(chǎn)品的肥料。
五、生物菌肥大多是以優(yōu)質(zhì)草碳為主要載體，其中草碳包含有大量的作物必須的微量元素。這是其它類型化學肥料沒有具備的。