肥料有著很多的種類，不同肥料的效果和施用方式也各不相同，微生物肥料的施肥應(yīng)該根據(jù)不同種類來(lái)選擇相對(duì)應(yīng)的施肥方式和合適的施用量。
復(fù)合微生物肥可作基肥和追肥，每畝施用量10～20公斤；稀釋500倍作葉面肥，按產(chǎn)品說(shuō)明書(shū)要求噴施。
生物有機(jī)肥可作基肥和追肥，作基肥時(shí)每畝施用量約100公斤，配施適量農(nóng)家肥；作追肥用量適當(dāng)減少，比化肥提前7～10天施入，且應(yīng)配施適量化肥。
農(nóng)用菌型每畝用2公斤固態(tài)菌劑與40~60公斤腐熟有機(jī)肥混合均勻后作基肥、追肥或育苗；將固態(tài)菌劑與營(yíng)養(yǎng)土摻勻制作營(yíng)養(yǎng)缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根；播前將種子浸入10～20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴濕。使種子與液態(tài)生物菌劑充分接觸后再播種；幼苗移栽前將根系浸入稀釋10～20倍的液態(tài)菌劑中，然后立即取出，或用上述稀釋液噴濕幼苗根系；將菌劑稀釋100倍后用于灌根或沖施；將菌劑稀釋500倍作葉面肥。
當(dāng)土壤氮、磷、鉀養(yǎng)分含量較高或大量施用氮、磷、鉀化肥時(shí)，根瘤菌、解磷、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過(guò)量就會(huì)抑制根瘤菌的活動(dòng)，降低根瘤的固氮作用。