要想棚室中的蔬菜免于病害，就要從使用肥料做起。
不施用未腐熟的有機(jī)肥料。此類(lèi)有機(jī)肥料沒(méi)有經(jīng)過(guò)腐熟階段，施入土壤后，腐熟過(guò)程中能產(chǎn)生一些有害的中間產(chǎn)物，如有機(jī)酸類(lèi)等，這些物質(zhì)積累到一定程度能使種子中的蛋白質(zhì)變性，致使種子出苗不齊，出現(xiàn)燒苗現(xiàn)象。所以有機(jī)肥料要經(jīng)過(guò)充分的腐熟過(guò)程，可以殺死其中的致病菌和蟲(chóng)卵。
施肥量不能過(guò)大。大棚蔬菜往往施肥量過(guò)大，尤其是化肥或性有機(jī)肥一次用量過(guò)高，易引起肥害，表現(xiàn)為作物根系吸水困難，僵苗不發(fā)，葉片畸形，嚴(yán)重時(shí)作物逐漸萎蔫而枯死。解決的方法是平衡施肥。由于大棚相對(duì)密封，施入化肥不易淋失，肥效較高，宜多次少量酌情施肥。根據(jù)蔬菜產(chǎn)量、土壤肥力、不同肥料元素利用率等確定適宜施肥量，以進(jìn)行平衡施肥。
采用正確施肥方法。生產(chǎn)中碳銨施用方法不當(dāng)尤為突出。碳銨俗稱(chēng)氣肥，施入土壤后，會(huì)很快分解轉(zhuǎn)化為氨和二氧化碳。氨對(duì)蔬菜葉片具有毒性，其在空氣中的濃度達(dá)到一定程度后，首先致使靠近地面的蔬菜葉片出現(xiàn)氨中毒而變黃脫落；濃度更高者，造成整個(gè)棚子植株葉片脫落，蔬菜絕收。所以碳銨宜深施，防止揮發(fā)造成浪費(fèi)，防止造成蔬菜氨氣中毒。
施肥要平衡。氮磷用量偏高，鉀肥用量不足。氮肥過(guò)剩，分解后產(chǎn)生銨離子過(guò)多時(shí)，影響作物對(duì)鉀、鈣、鎂的吸收，造成養(yǎng)分吸收不平衡，作物生長(zhǎng)受到危害。同時(shí)，氮肥用量過(guò)大，很容易造成蔬菜體內(nèi)硝酸鹽積累，使得蔬菜品質(zhì)下降，產(chǎn)投比降低。鉀肥用量少，植物抗逆性差，病蟲(chóng)害嚴(yán)重。是氮、磷、鉀肥配合施用，充分發(fā)揮交互作用，減少生理病害。特別是減少氮肥、磷肥的施用，提高鉀肥的投入，提高蔬菜品質(zhì)。
無(wú)機(jī)、有機(jī)肥要搭配。有機(jī)肥投放量偏低，有的菜農(nóng)只在離村莊近或運(yùn)輸方便的菜田施少量有機(jī)肥，遠(yuǎn)的田塊不施，這樣不利于培養(yǎng)高產(chǎn)菜田，也不利于培養(yǎng)出高品質(zhì)的蔬菜產(chǎn)品和持續(xù)發(fā)展。所以要增施有機(jī)肥，有機(jī)肥不僅養(yǎng)分含量全面，能提供蔬菜生長(zhǎng)發(fā)育所需的大量及中、微量元素，還能改良土壤理化性狀，改善土壤的水、肥、氣、熱條件，增強(qiáng)保肥、保水能力，促進(jìn)蔬菜正常的營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)。
重視補(bǔ)充中微量元素。中微量元素肥料是蔬菜生長(zhǎng)必不可少的，對(duì)微量元素尤其敏感，多則有害，少則生長(zhǎng)不良。僅靠施有機(jī)肥來(lái)補(bǔ)充養(yǎng)分，致使土壤中的中、微量元素隨著棚齡增加呈減少趨勢(shì)，使得施肥養(yǎng)分比例失調(diào)，從而誘發(fā)各種病害，如芹菜莖裂病、番茄臍腐病等。